Malgrado lo sviluppo delle conoscenze fisiopatologiche e la generalizzazione delle tecniche di biologia molecolare, l'eziologia delle encefaliti rimane sconosciuta nella metà dei casi quando la ricerca eziologica è completa e nel 70% dei casi nella routine attuale. La loro incidenza, la prognosi dei pazienti a medio e a breve termine e la persistenza e la gravità delle sequele sono male esplorate. In Francia, i dati disponibili a tutt'oggi evocano un'incidenza di 1,9 casi per 100 000 abitanti nei pazienti non affetti dal virus dell'immunodeficienza umana. Le eziologie più frequenti in Francia sono herpes simplex virus (HSV), virus varicella-zoster, Listeria e tubercolosi. Malgrado le difficoltà della diagnosi e l'assenza di un trattamento specifico, deve essere ricercata l'eziologia dell'affezione, allo scopo di precisare la prognosi individuale e di gestire meglio l'utilizzo degli antibiotici e in un obiettivo di salute pubblica. L'esplorazione proposta si declina in tre livelli successivi di indagine, dalle infezioni dell'encefalo più urgenti e più frequenti ai casi più rari e di più difficile interpretazione. Le circostanze epidemiologiche possono orientare verso diagnosi più rare. Il trattamento di prima intenzione deve prendere in considerazione l'urgenza del trattamento dell'HSV (aciclovir).