Malgré le développement des connaissances physiopathologiques et la généralisation des techniques de biologie moléculaire, l'étiologie des encéphalites reste inconnue dans la moitié des cas quand la recherche étiologique est complète, 70 % des cas en routine actuelle. Leur incidence, le pronostic des patients à moyen et court terme et la persistance et la gravité des séquelles sont mal explorés. En France, les données disponibles à ce jour évoquent une incidence de 1,9 cas pour 100 000 habitants chez les patients non infectés par le virus de l'immunodéficience humaine. Les étiologies les plus fréquentes en France sont herpes simplex virus (HSV), virus varicella-zoster, Listeria et tuberculose. Malgré les difficultés du diagnostic et l'absence de traitement spécifique, l'étiologie de l'affection doit être recherchée, dans le but de préciser le pronostic individuel, de mieux gérer l'usage des antibiotiques et dans un but de santé publique. L'exploration proposée se décline en trois niveaux successifs d'exploration, des infections de l'encéphale les plus urgentes et les plus fréquentes, aux cas les plus rares et les plus difficiles d'interprétation. Les circonstances épidémiologiques peuvent orienter vers des diagnostics plus rares. Le traitement de première intention doit prendre en compte l'urgence du traitement de HSV (aciclovir).