Les réformes de la Sécurité Sociale ont progressivement encadré les cinq principes généraux de l'exercice médical libéral : le secret médical, la liberté d'installation, le libre choix, le paiement direct et la liberté thérapeutique. Comme tous les autres professionnels de santé, les odontostomatologistes entretiennent des relations complexes avec les caisses d'assurance maladie. Ces dernières exercent désormais un contrôle accru sur les actes présentés au remboursement. L'analyse d'activité des praticiens libéraux est conduite par le service du contrôle médical des caisses suivant une procédure définie par le Code de la Sécurité Sociale. Elle peut conduire à de multiples suites contentieuses, dont les plus fréquentes sont la répétition d'indu et la plainte devant la section des assurances sociales du Conseil de l'Ordre.