A parte i bambini, nei quali la cisti di Baker viene quasi sempre scoperta accidentalmente, l'eziologia è di solito meccanica e a volte anche infiammatoria.

La diagnosi della cisti viene ottenuta con l'ecografia. La risonanza magnetica può aiutare a differenziare la patologia primitiva, che molto spesso dipende da un problema all'interno dell'articolazione del ginocchio. Questa patologia primitiva deve essere trattata fino a far scomparire completamente i sintomi.

L'asportazione è raramente indicata a meno che i sintomi non siano importanti (come nell'artrite reumatoide) oppure se è presente un marcato gonfiore del polpaccio.