La compréhension de l’importance du microbiote fécal a été un élément clé pour comprendre la physiopathologie de certaines diarrhées infectieuses. Outre le rôle protecteur normal de la bile, de l’acidité gastrique et de la réponse immunitaire, entre autres, nous savons maintenant que la flore intestinale normale nous protège de certaines formes de diarrhées infectieuses. La diarrhée associée aux antibiotiques (DAA) en est un excellent exemple, car les antibiotiques perturbent la flore normale. La diarrhée qui en résulte pourrait être due à des modifications du métabolisme des acides gras à chaîne courte. La diarrhée liée à Clostridium difficile, agent pathogène qui peut induire une diarrhée grave, une colite et même le décès, est une forme particulièrement sévère de DAA. La diarrhée récidivante à Clostridium difficile est un problème clinique difficile à traiter efficacement, car chaque récidive augmente la probabilité d’un nouvel épisode, probablement du fait que la prescription d’antibiotiques reste nécessaire pour la traiter et que la flore intestinale reste de ce fait perturbée. Il n’y a pas d’attitude thérapeutique efficace unique. Les possibilités thérapeutiques incluent l’utilisation d’antibiotiques selon des schémas intermittents ou à doses décroissantes, le probiotique Saccharomyces boulardii comme appoint de l’antibiothérapie, voire la reconstitution de la flore fécale. Il faut s’attendre à voir nos connaissances s’enrichir encore dans l’avenir sur les effets bénéfiques du microbiote.

Understanding the importance of the fecal microbiota has been key in understanding the pathophysiology of some infectious diarrheas. In addition to normal protective measures of bile, gastric acid, and immune response, among others, we now know that the healthy gut flora protects us from some infectious diarrheas. Antibiotic associated diarrhea (AAD) is an excellent example, as antibiotics perturb the normal flora; the resulting diarrhea may be due to changes in short chain fatty acid metabolism. A severe form of AAD is due to Clostridium difficile, a pathogen that can cause severe diarrhea, colitis and even death. Recurrent Clostridium difficile diarrhea is a difficult clinical problem to treat successfully because one recurrence makes further recurrences more likely, probably because antibiotics are still needed to treat and thus the fecal flora remains abnormal. There is no single effective treatment but therapies include pulsed and tapered antibiotics, the probiotic Saccharomyces boulardii as an adjunct to antibiotics, and even fecal flora reconstitution. It is likely that we will learn even more in the future about the beneficial effect of our microbiota.