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Quelle place pour les puces à ADN dans les maladies inflammatoires ? - 23/07/10

Doi : 10.1016/j.revmed.2004.02.004 
V. Devauchelle a, b, , G. Chiocchia a
a Unité Inserm 567, institut Cochin, pavillon Hardy-A, 1er étage, 27, rue du Faubourg-Saint-Jacques, 75674 Paris, France 
b Service de rhumatologie, CHRU la Cavale-Blanche, 29200 Brest, France 

* Auteur correspondant.

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Résumé

Propos. – La puce à ADN, est une technique de développement relativement récent permettant l'étude des profils d'expression de plusieurs milliers de gènes, au sein d'échantillons biologiques. Elle est devenue incontournable dans l'étude massive d'expression des gènes. Ce type d'étude correspond à une véritable révolution tant par la quantité de résultats générés que par la modification de pensée qu'elle offre.

Actualités et points forts. – L'énorme potentiel de découvertes autorisées par l'aboutissement du séquençage de génomes multiples, et l'avènement de technologies d'analyse d'expression massive de gènes ont totalement modifié l'abord des pathologies. Il est désormais licite d'envisager l'obtention d'une véritable image composite de l'activité transcriptionnelle au sein d'un organe, d'un tissu ou d'une cellule. Les puces à ADN représentent certainement la technologie d'analyses massives la plus utilisée. Elle est aussi celle qui a connu les développements récents les plus importants, et a amené les avancées les plus notables dans les domaines de classification des tumeurs et de découverte de nouveaux marqueurs biologiques. Les premières utilisations de puces dans le domaine des maladies inflammatoires ont été récemment rapportées.

Perspectives et projets. – L'utilisation optimale des puces à ADN nécessitera une analyse statistique performante et une expérimentation biologique de qualité. Des critères très stricts de standard et qualité se développent. Elles ont à l'évidence leur place dans l'exploration des maladies inflammatoires multifactorielles afin d'apporter des réponses aux problèmes diagnostics et physiopathologiques. Un développement probable, dans ces pathologies, sera l'établissement de profils à visée diagnostique et pronostic et la réalisation de puces « dédiées » à une pathologie donnée. La corrélation de l'expression globale ou ciblée de gènes avec les variables cliniques et pathologiques permettra un ensemble d'avancées dans plusieurs domaines.

Il testo completo di questo articolo è disponibile in PDF.

Abstract

Purpose. – DNA chip is a recently developed technique allowing analysis of thousands of genes at the same time in multiple biological samples. In few years it has become an obligatory step in massive gene expression study. The enormous quantity of results generated and the new way of thinking allowed make this kind of study a true revolution.

Key message and recent facts. – The enormous discovery potential permitted by the accomplishment of multiple genomes sequencing and the advent of technologies allowing massive gene expression analyses have totally modified the diseases approach. Considering the obtainment of a real full picture of the transcriptional activity in an organ, tissue or cell is now legitimate. DNA microarray is obviously not the only technique allowing such type of analysis but it is without contest the technology which is the most popular and the one which has been recently the subject of the most important developments. It is certainly the technology which brought the main advances in tumour classification and discovery of new biomarkers. The first results based on this technology in inflammatory diseases have recently been reported.

Perspective and projects. – The optimal use of DNA microarrays will necessitate a powerful statistical analysis and an high quality biological experimentation. Strict standard and quality criteria are developing. Obviously, the DNA chips have a role to play in multifactorial inflammatory diseases mainly through their potential to bring new answers to diagnostic and pathophysiological problems. One potential development of the technique in such diseases will be the definition of disease specific gene profiles and the generation of chips allowing the detection of few targeted genes with all the known mutations of these genes. The correlation of global or targeted gene expression with clinical and pathological data will allow a new step forward in the understanding and taking care of inflammatory diseases.

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Mots-clé : Puces à ADN, Transcriptome, Lymphomes, Lupus, Polyarthrite rhumatoïde

Keywords : Microarray, Transcriptomics, Lymphome, Lupus, Rheumatoid arthritis


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