L'examen clinique réalisé lors du premier contact avec le patient est primordial pour l'établissement du diagnostic positif, différentiel et étiologique, donc du plan de traitement orthodontique. Il comprend une phase d'anamnèse pendant laquelle la relation avec le patient et son entourage s'amorce et une phase d'examen proprement dit, exobuccal puis endobuccal. L'examen exobuccal du patient doit être fait de face et de profil, en statique et en dynamique. Il obéit à des règles d'observation systématique des différentes parties du visage afin d'établir les disproportions éventuelles en relation ou non avec une dysmorphose sous-jacente, mais à intégrer dans les choix thérapeutiques. L'examen endobuccal est ensuite réalisé arcades séparées pour observer globalement la denture et son environnement parodontal et musculaire puis arcades dentaires en occlusion afin de déterminer les relations interarcades et leurs éventuelles anomalies. L'examen fonctionnel repose sur l'observation des différents groupes musculaires qui composent l'appareil manducateur.