La pandémie de COVID-19 a entraîné un afflux massif de patients atteints de formes sévères dans les hôpitaux, nécessitant souvent des soins intensifs (cathéters vasculaires, ventilation, etc.) qui exposent à des risques élevés d’infections nosocomiales en particulier les infections invasives (bactériémies).

L’impact de la pandémie de COVID-19 sur l’épidémiologie des bactériémies en 2020 a été analysé dans 25 hôpitaux de l’Assistance Publique–Hôpitaux de Paris (environ 14 000 lits, couvrant la région Île-de-France). Jusqu’à un quart des patients admis à l’AP–HP durant la période mars-avril (pic de la première vague) étaient infectés par la COVID-19. L’incidence sur 100 admissions des bactériémies a globalement augmenté par rapport aux années précédentes : de 24 % en mars 2020 et de 115 % en avril.

L’évolution de l’incidence des bactériémies n’a pas été la même pour 2 groupes de microorganismes d’écologies bien différentes. Pour les microorganismes de type « hospitalier » classiquement responsables d’infections nosocomiales, l’incidence a beaucoup augmenté en mars-avril 2020 : Klebsiella pneumoniae (×2,3), Pseudomonas aeruginosa (×2,4), Staphylococcus aureus (×2,4), entérocoques (×3,4), levures (×2,7). Les deux tiers des bactériémies causées par ces microorganismes ont été considérées comme acquises lors de l’hospitalisation. Fait important, il s’est aussi produit une forte augmentation de l’incidence des bactériémies causées par des souches résistantes aux antibiotiques. Les antibiotiques utilisés comme indicateurs ont été les céphalosporines de 3^e génération (3GC), antibiotiques majeurs du traitement des infections graves et utilisés pour la surveillance des résistances bactériennes en Europe. À titre d’exemple, l’incidence des bactériémies à souches résistantes aux 3GC a été multipliée par 3 en avril 2020 pour K. pneumoniae. Durant la même période, la consommation de 3GC a fortement augmenté dans les mêmes hôpitaux (+131 % en mars et +148 % en avril). Pour Streptococcus pneumoniae (pneumocoque) et Streptococcus pyogenes (streptocoque hémolytique du groupe A), deux pathogènes responsables d’infections essentiellement communautaires et de transmission respiratoire, la pandémie a eu l’effet inverse. Il s’est produit une diminution de l’incidence en 2020 de 34 % et 28 % respectivement pour ces deux espèces, en particulier au printemps au moment des mesures strictes de confinement, de distanciation physique et de port du masque. Une légère réémergence des infections à ces deux espèces s’est produite l’été 2020 après l’assouplissement des mesures de prévention. Par contraste avec ce qui a été vu plus haut, les 4/5 des bactériémies causées par ces deux espèces ont été considérées comme communautaires.

La pandémie de COVID-19 qui a eu un fort impact sur la gestion hospitalière et sur l’organisation sociale dans la population générale, a eu des impacts opposés sur l’incidence des bactériémies selon les pathogènes et leur mode de transmission.

The COVID-19 pandemic has led to a massive influx of patients suffering from severe forms of the disease into hospitals, often requiring intensive care (vascular catheters, ventilation, etc.) which exposes them to high risks of nosocomial infections, particularly invasive infections (bacteremia).

The impact of the COVID-19 pandemic on the epidemiology of bacteremia in 2020 was analysed in 25 hospitals of the Assistance Publique–Hôpitaux de Paris (AP–HP, approximately 14,000 beds, covering the Île-de-France region). Up to a quarter of patients admitted to AP-HP during the March-April period (peak of the 1st wave) were infected with COVID-19. The incidence over 100 admissions of bacteraemia increased overall compared to previous years: by 24% in March 2020 and by 115% in April.

The evolution of the incidence of bacteremia was not the same for 2 groups of microorganisms with very different ecologies. For the “hospital” type microorganisms classically responsible for nosocomial infections, the incidence increased significantly in March-April 2020: Klebsiella pneumoniae (×2.3), Pseudomonas aeruginosa (×2.4), Staphylococcus aureus (×2.4), enterococci (×3.4), yeasts (×2.7). Two thirds of the bacteremias caused by these microorganisms were considered as acquired during hospitalization. Importantly, there was also a sharp increase in the incidence of bacteremia caused by antibiotic-resistant strains. The antibiotics used as indicators were the 3rd generation cephalosporins (3GCs), major antibiotics in the treatment of serious infections used for monitoring bacterial resistance in Europe. For example, the incidence of bacteremia with 3GC-resistant strains increased threefold in April 2020 for K. pneumoniae. During the same period, the consumption of 3GC increased sharply in the same hospitals (+131% in March and +148% in April). For Streptococcus pneumoniae (pneumococcus) and Streptococcus pyogenes (group A hemolytic streptococcus), two pathogens responsible for mainly community and respiratory-transmitted infections, the pandemic had the opposite effect. There was a decrease in incidence in 2020 by 34% and 28% respectively for these two species, particularly in the spring when strict containment, physical distancing and mask-wearing measures were in place. A slight re-emergence of infections with these two species occurred in the summer of 2020 after the relaxation of prevention measures. In contrast to what was seen above, 4/5 of the bacteremias caused by these two species were considered as community-acquired.

The COVID-19 pandemic which had a strong impact on hospital management and social organization in the general population, had opposite impacts on the incidence of bacteremia depending on the pathogens and their mode of transmission.