Non appena è posta la diagnosi di embolia polmonare, il medico deve valutare la gravità stratificando i pazienti in base al rischio di complicanze e mortalità. Sono stati sviluppati algoritmi per guidare il clinico in queste scelte terapeutiche, dei luoghi di cura (settore ospedaliero o ambulatoriale) e di monitoraggio (unità classica o unità intensiva). Questa analisi del rischio è fondamentale. Il principale criterio di gravità (che definisce l'embolia polmonare ad alto rischio) è la ripercussione emodinamica sul ventricolo destro dell'embolia polmonare che causa ipotensione arteriosa. Sono stati sviluppati strumenti di assistenza alla stratificazione a partire da elementi clinici (pulmonary embolism severity score) o paraclinici (dilatazione del ventricolo destro, troponina, BNP [brain natriuretic peptide], ecc.). Da questa stratificazione del rischio derivano le strategie terapeutiche, che vanno da un trattamento invasivo con ricovero in rianimazione a un trattamento orale domiciliare. Una delle sfide è lo sviluppo di un sistema di assistenza ambulatoriale per i pazienti con embolia polmonare non grave, che consenta un follow-up ravvicinato dopo il trattamento in Pronto Soccorso.