Le infezioni intestinali acute comunitarie sono ancora una delle principali cause di mortalità nei paesi in via di sviluppo. Nei paesi occidentali, sono associate a una significativa morbilità, ma sono, il più delle volte, benigne. Nelle forme benigne, gli esami supplementari non sono utili (all'infuori dagli ambienti di cura), le tecniche rapide di immunocromatografia o di polymerase chain reaction (risultati in 30 minuti- 2 ore) hanno ormai un posto importante nella strategia diagnostica. È necessaria un'endoscopia (sigmoidoscopia o colonscopia) in caso di sintomi gravi o di più di cinque giorni. Se è necessario un esame di imaging (difesa addominale), deve essere realizzata la TC. Il trattamento si basa prima di tutto su una reidratazione precoce; se è necessario il trattamento antibiotico, sono preferiti i fluorochinoloni. Le infezioni intestinali acute legate ai ricoveri sono patologie frequenti (virali o batteriche). Le infezioni da Clostridium difficile sono specificamente da ricercare quando si manifesta la diarrea in un soggetto di più di 65 anni, soprattutto se la diarrea è viscida e se l'episodio si verifica durante un ricovero o nel periodo successivo a un trattamento antibiotico. Il trattamento si basa sulla terapia con un antibiotico specifico o con un trapianto fecale nelle forme gravi o ricorrenti. Le diarree croniche hanno spesso cause non infettive. Tra le cause batteriche, occorre cercare la malattia di Whipple, soprattutto quando i sintomi sono associati ad artralgie, in particolare se si manifesta in un uomo caucasico di più di 55 anni.