L'endoscopia con biopsia è l'esplorazione di prima intenzione in caso di sintomi suggestivi di una patologia esofagea. Essa permette la diagnosi delle patologie più frequenti che sono i tumori (benigni o maligni), il reflusso gastroesofageo (RGE) e le sue complicanze (esofagite, esofago di Barrett) e l'esofagite eosinofila. Le sue principali indicazioni sono la disfagia, i sintomi di RGE con segni di allarme o in caso di resistenza alle cure mediche, le emorragie gastrointestinali alte e la ricerca di segni di ipertensione portale. La pH-metria e la pH-impedenziometria esofagee sono delle indagini ambulatoriali che permettono di diagnosticare un RGE la cui presentazione clinica è atipica o in caso di insuccesso del trattamento medico, fornendo una valutazione quantitativa del reflusso e stabilendo una relazione temporale tra i sintomi denunciati e gli episodi di reflusso registrati. Il ricorso alla pH-impedenziometria sotto trattamento è preferito nei pazienti il cui reflusso patologico è stato precedentemente documentato. La manometria esofagea permette la diagnosi dei disturbi motori dell'esofago. Attualmente, la manometria detta “ad alta risoluzione” è l'esame di riferimento che permette di identificare i principali disturbi motori esofagei primitivi come acalasia, malattia degli spasmi dell'esofago, esofago a “martello pneumatico” e assenza di peristalsi. Il significato di altre anomalie della motilità esofagea è incerto.