Le lupus érythémateux systémique (LES) est une pathologie auto-immune hétérogène dans laquelle les facteurs environnementaux et génétiques contribuent au développement de la maladie. Le microbiote intestinal (MI) interagit avec le système immunitaire et joue un rôle essentiel dans l’homéostasie du corps humain. Cependant, un déséquilibre du MI peut conduire au développement de multiples pathologies notamment auto-immunes. Nous avons étudié l’influence du MI dans un modèle murin de lupus, transgénique pour BAFF (BAFF-Tg).

Nous avons analysé par métagénomique la composition du MI à différents stades de la maladie, et avant et après traitement par antibiotique et régime riche en fibre. Les régions V3 et V4 du gène de l’ARN 16S de l’ADN bactérien extrait des selles des souris ont été amplifiées par PCR puis séquencées par le séquençeur Illumina MiSeq. Le logiciel QIIME a été utilisé pour l’analyse bioinformatique.

La composition du MI des souris BAFF-Tg était différente de celle des souris WT quel que soit l’âge. Certaines différences étaient présentes préalablement à l’apparition de la maladie chez les souris BAFF-Tg et persistaient dans le temps. Les bactéries des familles Verrucomicrobiaceae and Bacteroidaceae étaient en quantité réduite chez les BAFF-Tg tandisque l’abondance des bactérie Prevotellaceae était accrue en comparaison aux souris wild type (WT) (p<0,05 pour chaque famille). Certaines familles bactériennes dont Porphyromonadaceae ont également pu être associées avec l’apparition de la maladie. Après traitement de 4 semaines par néomycine ou par un régime riche en fibre, les taux d’auto-anticorps anti-dsDNA étaient indétectables chez les BAFF-Tg.

Le déséquilibre du MI est lié au développement de la maladie dans ce modèle murin de lupus. La modulation du MI par des techniques simples, telles que l’utilisation d’antibiotiques et l’adaptation du régime alimentaire, pourrait être une nouvelle approche thérapeutique du LES.