La citogenética humana es una disciplina reciente, puesto que el número de cromosomas no fue correctamente establecido hasta 1956. Tres años más tarde, se describió la primera anomalía cromosómica relacionada con una patología humana: la trisomía 21. Después, el desarrollo del cariotipo permitió describir numerosas anomalías cromosómicas, tanto de número como de estructura, asociadas a síndromes clínicos. El cariotipo fue durante mucho tiempo el único examen para el estudio global del genoma, aunque con un nivel de resolución limitado (5-10 Mb). En la década de 1980 se desarrolló la citogenética molecular con la introducción de la hibridación fluorescente in situ (FISH). La resolución de esta técnica es muy superior a la del cariotipo (30-150 kb según las sondas utilizadas) y permite prescindir del cultivo celular: las anomalías cromosómicas pueden detectarse en núcleos interfásicos. Sin embargo, sólo es posible el estudio dirigido del genoma: la orientación citogenética o clínica es necesaria para escoger la sonda apta para formular el diagnóstico. Por último, hacia la década de 2000 aparecieron las técnicas de hibridación genómica comparativa (CGH) basada en microarreglos (array) de ADN y de polimorfismo de un solo nucleótido (SNP) con tecnología basada en microarreglos, conocidas como análisis cromosómicos en microarreglos de ADN (ACMA) que han transformado esta disciplina superando los límites del cariotipo y de la FISH. Al respecto, el genoma es analizado en su conjunto con alto grado de resolución (hasta menos de 1.000 pares de bases según los microarreglos). La aplicación posnatal de esta técnica permitió demostrar alrededor de un 12% de anomalías cromosómicas crípticas en pacientes con déficit intelectual y/o malformaciones congénitas. El ACMA produjo un verdadero salto cualitativo y, por tanto, se convirtió en el examen de primera elección, en lugar del cariotipo, para la evaluación etiológica en estos pacientes.