Mientras que aproximadamente el 50% de las oclusiones congénitas del intestino delgado se diagnostica prenatalmente, los casos relacionados con una afectación del colon son (casi) inexistentes. Al nacimiento, el diagnóstico se realiza ante una asociación de meteorismo abdominal progresivo, vómitos claros y posteriormente biliosos y de ausencia de emisión del meconio. El abdomen está meteorizado pero es blando y sin masa palpable ni infiltración parietal. Las principales causas son el síndrome del tapón meconial/microcolon izquierdo, la enfermedad de Hirschsprung y la atresia de colon. La radiografía simple de abdomen, el enema rectal y la biopsia rectal son las tres exploraciones que permiten el diagnóstico etiológico, una vez que el examen del periné haya descartado la existencia de una malformación anorrectal o una estenosis rectal. Una vez se han descartado las patologías quirúrgicas, se deben investigar las causas médicas de oclusión (hipoglucemia, hipotiroidismo, hipopotasemia, hipercalcemia, hipermagnesemia, sepsis) así como un posible origen tóxico materno (neurolépticos, benzodiazepinas, morfínicos, etc.).