La pneumonie à Pneumocystis demeure, au xxi^e siècle, l'infection opportuniste la plus fréquente classant les patients infectés par le virus de l'immunodéficience humaine au stade de syndrome d'immunodéficience acquise. Elle concerne aussi les autres populations de patients immunodéprimés, chez lesquelles elle est responsable d'une importante mortalité. En marge de cette forme sévère d'infection, les techniques de biologie moléculaire développées ces dernières années ont permis de caractériser des populations d'individus chez lesquels la présence du micro-organisme, en quantité moindre qu'au cours des pneumonies, est désignée sous le terme de colonisation pulmonaire. Ces populations potentiellement colonisées sont essentiellement représentées par les patients présentant un déficit immunitaire modéré ou une maladie broncho-pulmonaire chronique. Le micromycète responsable de ces différentes entités, Pneumocystis jirovecii, est spécifique de l'homme et sa transmission interhumaine par voie aérienne est aujourd'hui admise. Sa mise en évidence dans les prélèvements respiratoires repose sur la microscopie et sur les techniques de polymerase chain reaction qui permettent un gain de sensibilité essentiel pour le diagnostic des pauci-infestations. La place d'autres méthodes dans le diagnostic des infections par Pneumocystis, telles que le dosage du glucane sérique, demeure marginale.