Situado en el brazo corto del cromosoma 6, el sistema antígeno leucocítico humano (HLA) consta de más de 200 genes, organizados en tres regiones. Los genes HLA están situados en la región de clase I, con genes clásicos (HLA-A, B y C) y no clásicos (HLA-E, F, G), y en la región de clase II, con los genes HLA-DR, DQ, DP. La región de clase III contiene, entre otros, los genes del complemento y del factor de necrosis tumoral (TNF). Conocido desde hace más de 50 años, el sistema destaca por su polimorfismo y su papel fundamental en la aparición de la respuesta inmunitaria. El polimorfismo HLA cobró un impulso considerable con el desarrollo de las técnicas de biología molecular: hoy se conocen más de 70 variaciones alélicas de los genes que codifican las moléculas HLA-B27 o B5. La presentación del péptido antigénico a los linfocitos T es la base de los mecanismos de la respuesta inmunitaria específica, de la selección del repertorio linfocítico T y de la lisis, por las células citolíticas naturales (NK), de células infectadas o tumorales. Las aplicaciones clínicas del sistema HLA son numerosas, pero se han desarrollado sobre todo en el contexto de los trasplantes y en el de las enfermedades inflamatorias. En reumatología, el sistema HLA cobra importancia en la patogenia de las espondiloartropatías y la psoriasis, la enfermedad de Behçet, la artritis reumatoide y el lupus eritematoso sistémico. La mayoría de las veces, se sospecha una mediación directa de las moléculas HLA en la patogenia de las enfermedades inflamatorias. Los mecanismos de las asociaciones HLA/enfermedades no se conocen bien, pero las hipótesis actuales apuntan a particularidades de la estructura tridimensional de las moléculas HLA. Algunas modificaciones de un aminoácido son capaces de influir en la presentación de un péptido artritogénico. Sin embargo, a pesar de su valor, la contribución del sistema HLA a la genética de las enfermedades autoinmunitarias es parcial, por lo que todavía quedan por descubrir otros genes.