La mayoría de las enfermedades metabólicas se debe a una deficiencia enzimática en alguna de las numerosas vías metabólicas derivadas de los carbohidratos, las proteínas o los ácidos grasos, o del tráfico intracelular. Una deficiencia enzimática implica la ausencia de una sustancia que se forma tras su intervención y/o la acumulación de un compuesto tóxico situado antes de la misma. Se manifiesta en cualquier momento de la vida, sobre todo en el período neonatal, pero también puede hacerlo en la infancia o en la edad adulta si se trata de una deficiencia enzimática parcial. Todavía no se diagnostican de manera suficiente, sobre todo en los adultos, en quienes las deficiencias enzimáticas parciales pueden dar cuadros clínicos muy variados, en especial con manifestaciones digestivas, episodios psiquiátricos o retraso mental. Cualquier órgano puede resultar afectado, pero los que más sufren son el sistema nervioso central, el hígado, el corazón y los riñones. Los cuadros clínicos que se manifiestan en edades precoces y que pueden recibir tratamiento son el coma neonatal progresivo de las enfermedades por intoxicación, la insuficiencia hepatocelular de las enfermedades por intoxicación, la insuficiencia multiorgánica, una miocardiopatía y/o un trastorno del ritmo cardíaco y una hipoglucemia relacionados con defectos del uso de las grasas. Los otros cuadros clínicos clásicos de las enfermedades metabólicas de presentación neonatal son la acidosis metabólica grave, la encefalopatía, en general toda alteración de un órgano aislada o múltiple (asociación inexplicable de síntomas) y, rara vez, las convulsiones. Por último, hay que conocer las hipoglucemias neonatales, porque son de origen endocrino o metabólico y constituyen urgencias terapéuticas. Es posible tratar un gran número de enfermedades metabólicas. La ausencia de tratamiento provoca secuelas muy graves o la muerte. El tratamiento es dietético, con supresión del compuesto tóxico asociada a la recuperación del anabolismo en las enfermedades por intoxicación, el aporte de un cofactor que el paciente no puede sintetizar o que puede paliar la deficiencia sintomática, una enzimoterapia que aporte la enzima ausente, o evitar el ayuno y las circunstancias que conducen a la descompensación del paciente. Otras enfermedades metabólicas no tienen tratamiento, pero es indispensable llegar a su diagnóstico preciso para poder emitir un consejo genético y un diagnóstico prenatal lo más a menudo posible. En caso de muerte, es indispensable recoger muestras de líquidos y tejidos orgánicos para conseguir el diagnóstico.