La enfermedad de Crohn se complica frecuentemente con lesiones anorrectales y perineales, cuya incidencia varía en la literatura. En todos los casos constituyen una complicación seria, ya que tienen una repercusión importante sobre la calidad de vida. Además de las lesiones inflamatorias primarias como las ulceraciones, fisuras y seudoexcrecencias, de tratamiento esencialmente médico, hay que saber identificar las complicaciones secundarias, de tratamiento mixto médico y quirúrgico. El cirujano puede intervenir de urgencia para drenar un absceso y, habitualmente, colocar un drenaje en setón, ya que una fistulotomía conllevaría un riesgo demasiado elevado de incontinencia por sección del esfínter. El cirujano también puede intervenir en las complicaciones crónicas. Una fístula anorrectal en la enfermedad de Crohn puede tratarse con un drenaje en setón prolongado si el trayecto es alto o mediante fistulotomía secundaria si el trayecto es transesfinteriano bajo o subcutáneo. Las recidivas suelen requerir una opinión especializada, para indicar la realización de un descenso rectal, la inyección de pegamento biológico, la inserción de un plug o incluso, más raramente, un colgajo de Martius o una graciloplastia. Las estenosis anales o rectales requieren dilataciones repetidas y, en caso de recidiva, el especialista valorará la oportunidad de una plastia. En algunos casos de enfermedad de Crohn avanzada, es posible que se proponga al paciente una ostomía y, si las lesiones son irreversibles, una amputación abdominoperineal. El carácter crónico e invalidante de la enfermedad, así como la variedad de tratamientos quirúrgicos propuestos para una misma lesión, hacen que el paciente tenga que participar en la decisión del tratamiento medicoquirúrgico. La asociación de una ostomía al tratamiento inmunosupresor y con anticuerpo antifactor de necrosis tumoral alfa puede permitir obtener mejor calidad de vida que la que se tendría tras repetidas intervenciones bajo anestesia general.