Il existe une multitude de pathogènes capables d'induire des troubles neurologiques, chacun utilisant des mécanismes de pathogénicité distincts. Selon le site lésionnel et le type de micro-organisme en cause, les manifestations neurologiques peuvent affecter soit le système nerveux central (par exemple le cerveau ou la moelle épinière), soit le système nerveux périphérique (racines nerveuses, plexus, troncs nerveux, jonctions neuromusculaires et muscles). Ces troubles peuvent résulter d'une atteinte directe causée par le pathogène ou être la conséquence d'une réactivation d'un micro-organisme qui était en dormance à la suite d'une infection antérieure. Ces troubles peuvent également résulter de l'opportunisme d'un pathogène chez une personne dont le système immunitaire est affaibli. Les antécédents du patient, notamment les symptômes et les voyages récents, ainsi que l'examen clinique sont des outils précieux pour orienter le diagnostic. De plus, une gamme d'examens complémentaires sont disponibles, comme l'imagerie (scanner, imagerie par résonance magnétique), l'électrophysiologie (électroencéphalogramme, électromyogramme) et les analyses biologiques (ponction lombaire afin d'étudier le liquide cérébrospinal, sérum, lésion lorsqu'elle est accessible à une ponction, etc.). Le but de cette revue est de décrire en détail les manifestations neurologiques associées aux pathogènes qui sont le plus souvent à l'origine de lésions du système nerveux et musculaire.