Las manifestaciones respiratorias son una causa importante de morbilidad y mortalidad en los inmunodeprimidos no infectados por el VIH, que constituyen un grupo muy heterogéneo de pacientes. Están dominadas en gran medida por las neumopatías infecciosas, en las que los microorganismos potencialmente responsables varían en función del tipo de inmunodepresión, relacionado a su vez con la patología subyacente y con sus tratamientos. Las causas iatrogénicas, que son menos frecuentes, pero no raras, deben buscarse sistemáticamente. Por último, también puede haber una complicación pulmonar inespecífica (sobrecarga vascular, enfermedad tromboembólica, neoplasia, etc.) o una afectación respiratoria específica de la enfermedad subyacente. Por tanto, la gran variedad de perfiles de inmunodepresión, las múltiples etiologías potenciales y su posible asociación justifican un enfoque diagnóstico riguroso. Éste se basa en el análisis preciso del contexto y de los datos de la tomografía computarizada torácica, así como en los resultados de las pruebas no invasivas y de las distintas exploraciones realizadas, en particular en las muestras respiratorias obtenidas a menudo durante una endoscopia bronquial con lavado broncoalveolar. Este enfoque suele permitir identificar, directamente o no, uno o varios agentes infecciosos potencialmente responsables u orientar el diagnóstico hacia un origen no infeccioso. Si no se tiene la certeza diagnóstica o, sobre todo, si la evolución es desfavorable con tratamiento, habrá que repetir y ampliar el estudio, planteando diagnósticos alternativos y, en ocasiones, una toma de muestras más invasivas, como una biopsia pulmonar. El pronóstico de estos trastornos respiratorios, a veces desfavorable, depende en parte de la rapidez del diagnóstico y de la instauración del tratamiento adecuado.