L'échoendoscopie est une technique utilisée depuis plus de 20 ans mais dont les applications thérapeutiques et diagnostiques ne cessent de se diversifier. Il s'agit d'un outil indispensable dans la prise en charge des pathologies biliaires et pancréatiques inflammatoires et tumorales. Ses principaux atouts sont une excellente résolution spatiale pour la description et la caractérisation des lésions pancréatiques et pour la mise en évidence d'obstacles au sein des voies biliaires. La modernisation des aiguilles de ponction permet de réaliser des biopsies sous contrôle échographique de zones inaccessibles par voie transpariétale, tout en minimisant les risques liés à l'acte. La qualité du matériel tissulaire obtenu par échoendoscopie permet désormais des analyses moléculaires et des marquages indispensables aux traitements ciblés ou personnalisés en oncologie digestive. Cet article vise à décrire les principales applications de l'échoendoscopie diagnostique dans les pathologies biliopancréatiques et à positionner ses indications comparativement aux autres outils diagnostiques dont on dispose.