Les mycobactéries atypiques, ou non tuberculeuses (MNT), peuvent être responsables d'infections humaines dites « mycobactérioses ». Les infections pulmonaires surviennent généralement chez des patients ayant une pathologie bronchopulmonaire chronique et sont le plus souvent dues au complexe Mycobacterium (M.) avium, à M. kansasii, à M. xenopi et à M. abscessus. En dehors des infections cutanées traitées dans un autre article, les infections extrarespiratoires à MNT se manifestent principalement par des atteintes ganglionnaires (complexe M. avium, M. scrofulaceum) et des atteintes ostéoarticulaires (M. kansasii, M. xenopi). Les infections généralisées surviennent sur un terrain d'immunosuppression sévère, type syndrome de l'immunodéficience acquise, déficit immunitaire primitif, greffe d'organe, ou en cas d'infection de matériel intravasculaire. Le diagnostic repose sur l'isolement de la mycobactérie associé à des signes cliniques et radiologiques d'infection et en l'absence de tuberculose. Dans les prélèvements de sites non stériles, en particulier pulmonaires, la présence d'une MNT peut être une simple colonisation de l'hôte, car les MNT sont ubiquitaires (sols et eaux). L'identification précise de l'espèce, actuellement faite par biologie moléculaire et spectrométrie MALDI-ToF (matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight), est nécessaire au diagnostic de la maladie et au choix du traitement antibiotique. Il est important d'évaluer le rapport bénéfice/risque avant d'engager un traitement souvent long et non dénué d'effets secondaires.