El oído medio está formado por tres huesecillos, con sus dos músculos, y la caja del tímpano incluida en el hueso temporal. Los huesos del oído medio se producen por el mecanismo de osificación endocondral, a excepción de la apófisis anterior del martillo, que sufre una osificación membranosa (mediante la formación del hueso gonial). El martillo es generado por las células de la cresta neural. La participación del primer arco faríngeo parece ser predominante. Sin embargo, no se puede excluir una participación del segundo arco (por analogía con los datos obtenidos en el ratón). El yunque deriva de las células de la cresta neural del primer arco faríngeo de forma exclusiva. El estribo está generado por las células de la cresta neural del segundo arco faríngeo, excepto la región más interna de su base, que deriva del mesodermo de la cápsula ótica. La articulación entre el martillo y el yunque se forma más tarde. Los mecanismos de su génesis difieren en ratones y en humanos. Se está empezando a demostrar la regulación genética de las estructuras que dan origen a los huesos del oído medio. En los ratones, el gen Hoxa2 es responsable de la identidad posicional del segundo arco faríngeo. Los genes implicados en el síndrome de Treacher Collins controlan la proliferación y la supervivencia de las células de la cresta neural en los arcos faríngeos 1 y 2. Varias estructuras embrionarias desempeñan un papel inductor en el desarrollo de los huesecillos: el anillo timpánico y el meato acústico externo (en el mango del martillo), la arteria estapedial (en el agujero del estribo) y la cresta neural (en la ventana oval). Los músculos del oído medio tienen un doble origen: las células musculares estriadas esqueléticas derivan del mesodermo de los arcos, mientras que las células de sostén y los tendones proceden de la cresta neural. En el ratón, el epitelio de la caja del tímpano se origina en el endodermo y la cresta neural. En la especie humana, todavía no se ha establecido nada con certeza. El crecimiento del receso tubotimpánico es un proceso que tiene lugar mucho después del nacimiento. Según los autores, el mecanismo de este proceso está aún por definir. Las estructuras óseas de la caja del tímpano no han sido bien estudiadas. Sin embargo, parece que derivan de la cresta neural y del mesodermo. Sin embargo, la participación respectiva de estos dos elementos aún está por definir.