L'orecchio medio è formato da tre ossicini con i loro due muscoli e dalla cassa del timpano compresa nell'osso temporale. Le ossa dell'orecchio medio sono prodotte attraverso il meccanismo dell'ossificazione endocondrale, a eccezione del processo anteriore del martello, che subisce un'ossificazione membranosa (attraverso la formazione dell'osso goniale). Il martello è generato dalle cellule della cresta neurale. La partecipazione del primo arco faringeo sembra preponderante. Non si può tuttavia escludere una partecipazione del secondo arco (per analogia con i dati ottenuti nel topo). L'incudine deriva esclusivamente dalle cellule della cresta neurale del primo arco faringeo. La staffa è generata dalle cellule della cresta neurale del secondo arco faringeo eccetto la regione più interna della sua base, che proviene dal mesoderma della capsula otica. L'articolazione tra martello e incudine si forma tardivamente. I meccanismi della sua genesi differiscono nei topi e nell'uomo. Comincia a essere evidenziata la regolazione genetica delle strutture all'origine delle ossa dell'orecchio medio. Nel topo, il gene Hoxa2 è responsabile dell'identità posizionale del secondo arco faringeo. I geni implicati nelle sindromi di Treacher Collins controllano la proliferazione e la sopravvivenza delle cellule della cresta neurale degli archi faringei 1 e 2. Diverse strutture embrionarie svolgono un ruolo induttore nello sviluppo degli ossicini: anello timpanico e meato acustico esterno (sul manico del martello), arteria stapedia (sul forame della staffa) e cresta neurale (sulla finestra ovale). I muscoli dell'orecchio medio hanno una doppia origine: le cellule muscolari striate scheletriche derivano dal mesoderma degli archi mentre le cellule di sostegno e i tendini derivano dalla cresta neurale. L'epitelio della cassa timpanica nasce dall'endoderma e dalla cresta neurale nel topo. Nella specie umana, nulla è ancora stabilito con certezza. La crescita del recesso tubotimpanico è un processo che si estende nel tempo molto dopo la nascita. Il meccanismo di questo processo resta ancora da definire secondo gli autori. Le strutture ossee della cassa del timpano non sono state ben studiate. Tuttavia, sembra che derivino dalla cresta neurale e dal mesoderma. Resta tuttavia da definire la rispettiva partecipazione di questi due elementi.