Outre les différences de susceptibilité in vitro, les principales espèces de levures et de champignons filamenteux d'intérêt clinique sont capables d'acquérir une résistance aux antifongiques lors de traitements plus ou moins prolongés. Ces dernières années, des travaux de recherche fondamentale ont permis d'améliorer notre compréhension des mécanismes moléculaires impliqués dans la résistance aux principales classes d'antifongiques, et en particulier aux azolés et aux échinocandines. Il s'agit là d'un sujet d'importance, car la résistance aux antifongiques est généralement associée à un échec clinique, et constitue une problématique émergente pour plusieurs espèces fongiques, comme par exemple la résistance aux échinocandines des Candida ou d'Aspergillus fumigatus vis-à-vis des azolés, en lien avec l'usage intensif des fongicides azolés dans l'environnement. Cet article de synthèse a pour objectif de fournir une vision d'ensemble, actualisée, des mécanismes moléculaires mis en place chez les principaux champignons d'intérêt médical, en particulier Candida et Aspergillus, dans le contexte de la résistance aux traitements antifongiques. Sont également abordés les outils disponibles pour évaluer la sensibilité in vitro aux antifongiques tant sur le plan phénotypique, via la détermination des concentrations minimales inhibitrices, que par les approches plus récentes, reposant sur la biologie moléculaire.