La prise en charge d'une victime d'agression sexuelle est complexe et nécessite des soignants formés. L'examen d'agression sexuelle soulève une double problématique avec une prise en charge médicale (somatique comme psychologique) mais également un enjeu médicolégal : les agressions sexuelles datant de moins de huit jours sont une urgence médicolégale. La rigueur nécessaire à cet examen ne doit pas faire oublier l'importance de l'accueil et de l'écoute. L'entretien doit impérativement précéder l'examen clinique, les examens spécialisés et les prélèvements éventuels, ainsi que la prescription de traitements curatifs ou prophylactiques. L'examen physique recherche des lésions génitales et anales mais également toutes lésions physiques associées. Dans la majorité des cas, il n'est pas retrouvé de lésion périnéale dans les suites d'une agression sexuelle. La prise en charge thérapeutique est conditionnée par les éléments cliniques (anamnèse, examen clinique) et le délai entre l'agression et la consultation. Les examens complémentaires peuvent comporter la recherche de sperme/d'ADN, d'infections sexuellement transmissibles, d'une grossesse et d'une éventuelle soumission chimique. La prévention d'une grossesse, d'une séroconversion au virus de l'immunodéficience humaine (VIH) et de l'hépatite B doit toujours être discutée. Le certificat médical rédigé au terme de l'examen retranscrit les faits allégués, les doléances, et consigne la description objective de l'examen. En cas d'examen sur réquisition judiciaire, le médecin doit exiger une réquisition écrite et ne répondre qu'aux questions posées. Ses conclusions seront à formuler avec prudence et uniquement en termes de compatibilité avec les événements rapportés. Le médecin doit connaître la procédure de signalement au procureur de la République de toute agression sexuelle à l'encontre d'un mineur ou d'une personne majeure non en mesure de se protéger. Le médecin doit confier à une équipe spécialisée l'examen d'agression sexuelle du mineur.