En dehors de quelques exceptions comme le Trichomonas, les parasites ont rarement une localisation uniquement urogénitale. Cependant, parmi les bilharzioses qui touchent le foie et les intestins, la bilharziose urinaire est très fréquente en Afrique subsaharienne et se manifeste par une hématurie. L'hydatidose est essentiellement localisée au niveau hépatique ou pulmonaire, mais des localisations rénales sont possibles. D'autres parasitoses (filarioses, paludisme) provoquent des glomérulonéphrites par réaction immunologique, qui disparaissent avec le traitement spécifique du parasite responsable. La localisation génito-urinaire des autres parasitoses est nettement plus rare.