Les mycobactéries non tuberculeuses sont des bactéries ubiquitaires de l'environnement. Ce ne sont pas des pathogènes stricts de l'homme et seules quelques-unes peuvent être responsables de réelles infections. Les principaux facteurs de risque sont les pathologies respiratoires chroniques : bronchopneumopathie chronique obstructive (BPCO), bronchectasies, mucoviscidose. La première étape lorsqu'on isole une mycobactérie sur un prélèvement respiratoire est de rechercher la présence des critères d'infection. Ces critères sont de trois types : clinique, radiologique et microbiologique. L'un des points fondamentaux est l'exclusion de tout diagnostic plus probable que l'infection à mycobactérie pour expliquer les symptômes du patient. Une fois le diagnostic établi, la question du traitement se pose. Toute infection à mycobactérie non tuberculeuse n'implique pas systématiquement un traitement. Seuls les patients les plus sévères sont traités. Le traitement repose classiquement sur l'association d'au moins trois antibiotiques. Il y a souvent une molécule clé par mycobactérie qu'on associe avec deux autres antibiotiques pour éviter l'émergence de résistance, comme par exemple les macrolides pour Mycobacterium avium complex ou la rifampicine pour Mycobacterium kansasii. La durée de traitement classique est de 12 mois après négativation des cultures. L'antibiogramme en dehors des infections à Mycobacterium abscessus n'est pas systématique, et généralement réalisé que pour certains antibiotiques en cas de traitement antérieur.