Les virus sont des entités biologiques originales définies par leur structure et leur mode de réplication à l'intérieur des cellules hôtes. Le Comité international de taxonomie virale (ICTV) a élaboré une classification universelle des virus, fondée sur ces propriétés et définissant des niveaux taxonomiques de hiérarchie décroissante allant de l'ordre à l'espèce. Cette classification inclut actuellement sept ordres, plus de 100 familles, plus de 300 genres et plusieurs milliers d'espèces de virus différents infectant les animaux, homme inclus, les plantes et les bactéries. La structure et la stratégie de réplication des différents virus humains permettent de comprendre en partie leur mode de transmission. Les sources de virus sont dans ce cas les êtres humains eux-mêmes et certains animaux infectés. La transmission est soit horizontale, d'un sujet infecté à un sujet non infecté par propagation de particules virales ou de cellules infectées, soit verticale, des parents aux enfants par le biais d'une infection préalable des cellules germinales. Les virus pénètrent dans l'organisme par diverses voies, en infectant les muqueuses digestives, respiratoires, génitales, oculaires et en franchissant la barrière cutanée à travers des brèches accidentelles, ce qui permet ainsi leur inoculation directe dans le milieu intérieur. La barrière d'espèce, de définition imprécise, limite cette transmission mais n'est pas une protection absolue et son franchissement peut conduire à des émergences virales. La connaissance des voies et des fréquences de transmission est importante pour définir les mesures de prévention.