Intérêt et application du NGS pour le génotypage des groupes sanguins : étude d’une cohorte de patients drépanocytaires - 07/09/15
Résumé |
Nous avons récemment montré qu’une approche par séquençage de nouvelle génération (next-generation sequencing [NGS]) est techniquement réalisable pour l’analyse moléculaire des gènes impliqués dans les groupes sanguins érythrocytaires [1]. Les applications liées à cette stratégie incluent notamment l’étude :
– des individus présentant des phénotypes rares ;
– des patients polytransfusés, pour lesquels l’intérêt du typage moléculaire a été mis en évidence dans la littérature.
Dans ce contexte, nous avons entrepris le séquençage de 17 gènes impliqués dans 14 groupes sanguins dans une cohorte de patients drépanocytaires (n=48) adressés à l’EFS Bretagne (site de Brest) pour génotypage étendu et automatisé le processus pour répondre aux problématiques diagnostiques. Les librairies générées par l’approche Ion AmpliSeq™ (Life Technologies) décrite précédemment et préparées par l’Ion Chef™ Instrument (Life Technologies) ont été séquencées sur Ion Proton™ System ou Ion Torrent PGM™ (Life Technologies). Conformément aux résultats attendus, l’ensemble des gènes a pu être génotypé à l’exception des exons 1 et 2 de GYPA et RHCE, pour des raisons d’homologie de séquences déjà rapportées, qui doivent donc être analysés par une approche alternative (Sanger, microarray…). De manière importante et rétrospective, les phénotypes prédits à partir du génotypage des gènes RHD et RHCE (système Rh), ACKR1 (Duffy), SLC14A1 (Kidd), KEL (Kell) et GYPB (MNS) sont en accord avec les phénotypes connus. Cette étude illustre donc pour la première fois la faisabilité, la rapidité et la fiabilité du génotypage par NGS dans une cohorte d’intérêt clinique.
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Vol 22 - N° 4
P. 204 - septembre 2015 Retour au numéro
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