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Decreased microbiota diversity associated with urinary tract infection in a trial of bacterial interference - 03/08/15

Doi : 10.1016/j.jinf.2015.05.014 
Deborah Horwitz a, b, c, f, Tyler McCue d, f, Abigail C. Mapes a, Nadim J. Ajami d, Joseph F. Petrosino d, Robert F. Ramig e, Barbara W. Trautner a, b, c,
a Section of Infectious Diseases, Department of Medicine, Baylor College of Medicine, One Baylor Plaza, Houston, TX, 77030, USA 
b Department of Surgery, Baylor College of Medicine, One Baylor Plaza, Houston, TX, 77030, USA 
c Center for Innovations in Quality, Effectiveness, and Safety, Michael E. DeBakey Veterans Affairs Medical Center, 2002 Holcombe Blvd., Houston, TX, 77030, USA 
d Alkek Center for Metagenomics and Microbiome Research, Baylor College of Medicine, One Baylor Plaza, Houston, TX, 77030, USA 
e Department of Molecular Virology and Microbiology, Baylor College of Medicine, One Baylor Plaza, Houston, TX, 77030, USA 

Corresponding author. One Baylor Plaza, BCM 504, NA 422, Houston, TX, 77030, USA. Tel.: +1 713 798 2320; fax: +1 713 748 7359.

Summary

Background

Patients with long-term indwelling catheters are at high risk of catheter-associated urinary tract infection (CAUTI). We hypothesized that colonizing the bladder with a benign Escherichia coli strain (E. coli HU2117, a derivative of E. coli 83972) would prevent CAUTI in older, catheterized adults.

Materials and methods

Adults with chronic, indwelling urinary catheters received study catheters that had been pre-coated with E. coli HU2117. We monitored the cultivatable organisms in the bladder for 28 days or until loss of E. coli HU2117. Urine from 4 subjects was collected longitudinally for 16S rRNA gene profiling.

Results

Eight of the ten subjects (average age 70.9 years) became colonized with E. coli HU2117, with a mean duration of 57.7 days (median: 28.5, range 0–266). All subjects also remained colonized by uropathogens. Five subjects suffered invasive UTI, 3 febrile UTI and 2 urosepsis/bacteremia, all associated with overgrowth of a urinary pathogen. Colonization with E. coli HU2117 did not impact bacterial bladder diversity, but subjects who developed infections had less diverse bladder microbiota.

Conclusions

Colonization with E. coli HU2117 did not prevent bladder colonization or subsequent invasive disease by uropathogens. Microbial diversity may play a protective role against invasive infection of the catheterized bladder.

Trial Registration:ClinicalTrials.gov, NCT00554996NCT00554996.

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Graphical abstract




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Highlights

We performed a clinical trial of bacterial interference to prevent urinary tract infection in older, catheterized adults.
Bladder inoculation with Escherichia coli HU2117 (83972) did not prevent symptomatic infection of the urinary tract.
16S rRNA profiling revealed that subjects who developed symptomatic infections had less diverse bladder microbiota.
Standard microbiological culture techniques identified only a fraction of the organisms present by sequencing.

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Keywords : Urinary tract infection, Probiotics, Microbiota, Biodiversity, Microbiome


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Vol 71 - N° 3

P. 358-367 - septembre 2015 Retour au numéro
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