Le microbiote constitue un écosystème complexe dont l’implantation, dans les premières semaines de la vie, semble constituer une période critique de « programmation » du système immunitaire. Toute perturbation dans le processus initial de mise en place de la flore pourrait avoir des conséquences sur la survenue ultérieure de pathologies comme l’obésité, le diabète, les pathologies inflammatoires du tractus digestif ou encore la survenue d’allergies, dont l’incidence augmente depuis quelques années. L’hypothèse hygiéniste (Starchan) d’une part et l’hypothèse de programmation (Barker) d’autre part apportent de manière complémentaire des explications plausibles aux associations épidémiologiques mises en évidence dernièrement entre l’exposition précoce aux antibiotiques et la survenue de maladies allergiques. L’attention des cliniciens doit être fortement et rapidement attirée vers ces effets délétères de l’antibiothérapie, qui ne concernent plus uniquement l’émergence de mutations résistantes et l’altération de l’écologie bactérienne, mais aussi des pathologies « non infectieuses » tout aussi préoccupantes.

The microbiote constitute a complex ecosystem. Its establishment in the first weeks of the life seems to constitute a critical period of “programming” of the immune system. Any disturbance in the initial process of colonization by the microbiote could impact long-term health and be implicated in several pathologies as obesity, diabetes, inflammatory pathologies of the digestive tract or allergies, with an increased prevalence observed during the past decades. The hygienist hypothesis on one hand (Starchan) and the programming hypothesis of on the other hand (Barker) constitute plausible explanations to the epidemiological associations reported recently between the premature exposure to antibiotic treatment and allergic diseases. Clinicians must be strongly and quickly awarded towards these deleterious effects of antibiotic treatments, which do not concern any more only the emergence of resistant mutations and the change of the bacterial ecology, but also “not infectious” pathologies even more worrisome.