Au cours des 30 dernières années, le champ des affections génétiques affectant le muscle et la jonction neuromusculaire s'est considérablement étendu sur des bases cliniques, histopathologiques et de génétique moléculaire (plusieurs centaines de gènes identifiés). Les affections sont classées en fonction de leur physiopathologie : dystrophies musculaires, myopathies et dystrophies congénitales, myopathies métaboliques, myopathies myofibrillaires, syndromes myasthéniques, etc. Ces pathologies appartiennent à la catégorie des maladies rares (moins d'un cas sur 2000) mais leur multiplicité rend compte d'un nombre important de patients (plusieurs dizaines de milliers en France). Si la mise en évidence d'une mutation pathogène permet l'identification définitive d'une affection musculaire, l'analyse génétique doit toujours s'inscrire à la fin d'une démarche diagnostique qui se fonde sur des informations cliniques (nature des symptômes, phénotype clinique et profil évolutif) et des examens complémentaires choisis en fonction des hypothèses évoquées dont l'imagerie et l'histologie musculaire. Ces données permettent d'ouvrir les principales portes d'entrée diagnostiques et, en définitive, d'identifier l'affection. Dans cet article sont décrits les principales myopathies génétiques et les syndromes myasthéniques congénitaux. Des progrès remarquables ont été effectués dans le domaine du conseil génétique et du traitement qui permet de pallier les complications orthopédiques, respiratoires et cardiaques. Des thérapies innovantes sont en cours d'élaboration, en particulier pour les dystrophies musculaires : remplacement des gènes défaillants par un minigène couplé à un adénovirus, réparation du gène par translecture d'un codon-stop, rétablissement du cadre de lecture par saut d'exon.