L’avènement des techniques de séquençage à haut débit a révolutionné ces dix dernières années l’étude des flores microbiennes normales et pathologiques. Révolution largement amplifiée par l’explosion du nombre d’espèces bactériennes décrites ces 20 dernières années avec l’utilisation du séquençage du gène de l’ARN16S ribosomique. Par rapport aux anciennes analyses effectuées par culture, on a observé une grande diversité de flore avec bien souvent un nombre important d’espèces qualifiées comme non cultivables. Par une approche basée sur l’utilisation de plus de 200 conditions de cultures différentes, nous avons entrepris d’étudier à nouveau le microbiote humain par culture, en commençant par le microbiote digestif. Nécessitant l’indentification de plusieurs milliers de colonies, cela a été rendu possible par l’utilisation de la spectrométrie de masse MALDI-TOF pour réaliser les identifications à haut débit et pour un coût réactif négligeable. Les résultats des premières études ont été particulièrement étonnants : découverte d’espèces jamais isolées chez l’homme, découvertes de nouvelles espèces ou genres bactériens et surtout très faible recouvrement entre les techniques de culturomique et de métagénomique bactérienne. En effet, si la métagénomique évalue relativement bien la présence des différentes flores majoritaires, notamment s’agissant de bactéries non encore cultivables, la culturomique évalue probablement mieux la diversité des flores minoritaires, notamment quand il s’agit de flores relativement pauvres dominées par quelques espèces surreprésentées. Ainsi, culturomique et métagénomique bactériennes apparaissent comme deux outils complémentaires de l’étude du microbiote humain.

The advent of high throughput sequencing techniques over the last decade as revolutionized the study of normal and pathological microbial floras. This revolution was greatly enhanced by the explosion in the number of bacterial species described in the last 20 years with the use of 16S ribosomal gene sequencing. Compared to previous analyzes done by culture, a great diversity of floras was observed including major considered non-cultivable species. By using more than 200 culture conditions, we began to study again the human microbiota by culture, starting by the gastrointestinal microbiota. Requiring the identification of several thousand of colonies, it was made possible by the use of mass spectrometry MALDI-TOF for high throughput identification for a negligible reagent cost. The results of these early studies were particularly surprising : discovery of species never isolated from human, discovery of new species or genera of bacteria and small overlap between culturomic and bacterial metagenomics. Indeed, if metagenomics evaluates fairly well the presence of majority floras, particularly in terms of not yet cultivable bacteria, culturomic probably better assess the diversity of minority flora especially for relatively poor flora dominated by a few dominating species. Thus, culturomic and bacterial metagenomics appear as two complementary tools for the study of the human microbiota.