Les mycobactéries atypiques ou non tuberculeuses peuvent être responsables d'infections humaines dites « mycobactérioses ». Les infections pulmonaires surviennent généralement chez des patients ayant une pathologie bronchopulmonaire chronique et sont le plus souvent dues à Mycobacterium (M.) avium complex, M. kansasii, M. xenopi et M. abscessus (particulièrement lié à la mucoviscidose). En dehors des infections cutanées traitées dans un autre article, les infections extrarespiratoires se manifestent principalement par des atteintes ganglionnaires (M. avium complex, M. scrofulaceum) et des atteintes ostéoarticulaires (M. kansasii, M. xenopi). Les infections généralisées surviennent seulement sur un terrain d'immunosuppression sévère, en particulier de type sida. Le diagnostic repose sur l'isolement, le plus souvent répété, de la mycobactérie associé à des signes cliniques et radiologiques d'infection et à l'absence de tuberculose. En effet, la présence d'une mycobactérie non tuberculeuse dans un prélèvement non stérile en particulier pulmonaire peut être une simple colonisation de l'hôte. L'identification précise de l'espèce (faite par biologie moléculaire) est importante pour l'adéquation du traitement qui diffère selon l'espèce. Il est important d'évaluer le rapport bénéfice-risque avant d'engager un traitement qui est souvent long (plusieurs mois) et non dénué d'effets secondaires.