La farmacogenetica studia l'effetto del patrimonio genetico e dei suoi polimorfismi sulla farmacocinetica e sulla farmacodinamica dei xenobiotici. Nel settore dei farmaci antiepilettici (FAE), la ricerca si è da tempo concentrata sulla loro farmacocinetica. Due polimorfismi del CYP 450 2C9 sono noti per il loro effetto di rallentamento sul metabolismo della fenitoina, esponendo i soggetti interessati a un rischio di sovradosaggio. Circa il 30% dei pazienti epilettici non risponde ai FAE. Queste epilessie farmacoresistenti pongono un problema importante, rispondendo probabilmente a delle cause multiple, anche genetiche, che influenzano la risposta farmacodinamica. Dei polimorfismi genetici possono eventualmente modificare delle proteine di trasporto transmembrana e, perciò, la penetrazione intracerebrale dei FAE. Delle epilessie monogeniche idiopatiche sono rare e spesso associate a mutazioni di canali ionici. Non si conosce attualmente un rapporto preciso tra le modificazioni delle proprietà di questi canali ionici e il fenotipo clinico. D'altra parte, non si dispone di opzioni terapeutiche specifiche. Dei polimorfismi di recettori neuronali sono suscettibili di divenire un altro campo di indagine, anche se un primo studio, che constatava un rapporto tra un polimorfismo di un recettore (subunità alfa di un canale sodico voltaggio-dipendente) e la dose massima prescritta di due FAE tradizionali, non è stato confermato. La farmacogenetica può migliorare la prevenzione degli effetti indesiderati (EI) e della teratogenicità dei FAE. La capacità attuale di stabilire, a livello del genoma intero, il profilo dei single nucleotid polymorphisms permetterà un giorno la rilevazione di indicatori che predispongono a certi EI. Così, la Food and Drug Administration raccomanda, dal 2007, di ricercare nella popolazione asiatica, prima di qualsiasi prescrizione della carbamazepina, l'HLA B* 1502 che è, in particolare nei cinesi Han, molto fortemente associato alla sindrome di Steven Johnson/Lyell. La farmacogenetica potrebbe ridurre il costo di sviluppo di nuovi farmaci, mirando dei recettori specifici, e rendere economicamente valido il loro sviluppo per malattie rare. Lo studio di questo nuovo campo si accompagna a nuovi rischi, tra cui sfruttamento illecito di dati genetici, l'emergenza di una «sottoclasse genetica» e una popolazione a profilo genetico infausto per assicurazioni, datori di lavoro e così via. D'altra parte, si intravede una nuova problematica medicolegale.