Un grand nombre d’infections humaines d’origine hydrique sont causées par des micro-organismes qu’il s’agisse de virus, de bactéries ou encore de protozoaires. Ces micro-organismes sont soit naturellement présents dans les environnements aquatiques, soit transférés au sein de ces derniers via des sources d’origine fécale. Ils séjournent dans ces environnements pendant un temps plus ou moins long avant de contaminer un nouvel hôte. Les environnements aquatiques sont soumis à une forte variabilité de leurs paramètres physicochimiques et abritent une vaste communauté microbienne plus ou moins adaptée à ces changements environnementaux. Ainsi les interactions entre les micro-organismes, qu’ils soient pathogènes ou non, sont nombreuses et certaines d’entre elles sont encore aujourd’hui méconnues. L’objectif de cet article est de présenter les interactions connues entre certains micro-organismes pathogènes et le milieu naturel en abordant notamment la diversité des sources de contamination, leur contribution dans la pollution microbiologique des milieux aquatiques, et le devenir des pathogènes dans des environnements notamment au travers des stratégies de survie que certains sont capables de développer.

A large number of human waterborne infections are caused by microorganisms including viruses, bacteria or protozoa. These microorganisms are either naturally presents in aquatic environments, or come from fecal sources. They may stay in aquatic ecosystems for a long time before contaminating a new host. Aquatic environments are subjected to high variability of physico- chemical parameters. They include a microbial community that is more or less adapted to these environmental changes. Thus, numerous interactions occur between microorganisms, which are pathogenic or not, and most of them are still unknown. This review focused on interactions between pathogen microorganisms and their environment. More specifically we addressed the question of the diversity of the sources of contamination, their contribution to the microbiological pollution of the aquatic environment, and the ability of some pathogens to survive adverse environmental conditions.