Durant la dernière décennie, des progrès spectaculaires ont été menés dans la compréhension des mécanismes moléculaires et cellulaires gouvernant l’initiation et la progression tumorale des cancers bronchopulmonaires non à petites cellules (CBNPC). En parallèle, des progrès thérapeutiques majeurs ont été réalisés avec la découverte de plusieurs cibles moléculaires et le développement des thérapies ciblées. Actuellement, ces approches sont parfaitement illustrées par le traitement des patients atteints de CBNPC avec des inhibiteurs de tyrosine kinase lorsque la tumeur présente une mutation activatrice sur le gène de l’EGFR ou un réarrangement du gène ALK. La liste des biomarqueurs analysés en génétique somatique est amenée à s’accroître à court terme en raison du nombre croissant de thérapies ciblées en cours de développement.

Des avancées technologiques récentes se traduisant par le développement du séquençage de nouvelle génération (NGS) offrent la possibilité d’interroger rapidement et de manière exhaustive le génome des CBNPC, même sur des biopsies de petite taille. C’est dans ce contexte que les pathologistes moléculaires doivent faire face au défi de déterminer comment sélectionner, interpréter et appliquer progressivement dans leur laboratoire ces nouvelles technologies de génomique. Cette revue rapporte l’état actuel des principales technologies de NGS, leurs applications et leurs limites actuelles, en particulier dans le cadre des CBNPC.

Substantial advances have been made in understanding molecular and cellular mechanisms driving tumor initiation and progression in non–small-cell lung cancer (NSCLC). Over the last decade, these findings have led to the discovery of a variety of molecular targets and the development of targeted therapies. This approach is currently best exemplified by treating patients with NSCLC with first-line tyrosine kinase inhibitors when their cancers harbor gain-of-function hotspot mutations in the epidermal growth factor receptor (EGFR) gene or anaplastic lymphoma kinase (ALK) gene rearrangements. As cancer is a complex disease driven by heritable or somatic mutations, new DNA sequencing technologies will have a significant impact on the detection, management and treatment of cancer. Next-generation sequencing is enabling the catalogue the genomic landscape of thousands of cancer genomes. These discoveries will ultimately lead to a better understanding of disease pathogenesis, bridging to a new era of molecular pathology and personalised medicine. Many molecular pathology laboratories are now considering the sequencing platforms, methods and additional equipment required for making the transition to NGS. Here we review the current status of NGS technologies, challenges and applications with special consideration given to the development of clinical sequencing.