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The response of medical virology laboratories to the influenza A(H1N1)pdm09 outbreak in Paris Île-de-France region - 30/10/13

Doi : 10.1016/j.patbio.2012.11.002 
E. Seringe a, b, 1, H. Agut a, c, , 1
a Université Pierre-et-Marie-Curie, ER1 DETIV, 83, boulevard de l’Hôpital, 75651 Paris cedex 13, France 
b Public Health Unit, groupe hospitalier Pitié-Salpêtrière, 83, boulevard de l’Hôpital, 75651 Paris cedex 13, France 
c Department of Virology, CERVI, groupe hospitalier Pitié-Salpêtrière, 83, boulevard de l’Hôpital, 75651 Paris cedex 13, France 

Corresponding author.

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Abstract

The outbreak of influenza A(H1N1)pdm09 was a challenge for the laboratories of Paris Île-de-France region in charge of virological diagnosis. In order to evaluate the quality of their response to this challenge, a retrospective survey based on a self-administered standardized questionnaire was undertaken among the 18 hospital laboratories involved in A(H1N1)pdm09 virus detection over a period of 10 months from April 2009 to January 2010. All concerned laboratories responded to the survey. Due to imposed initial biosafety constraints and indications, virological diagnosis was performed in only two laboratories at the start of the studied period. Step by step, it was further settled in the other laboratories starting from June to November 2009. From the beginning, A(H1N1)pdm09-specific RT-PCR was considered the reference method while the use of rapid influenza detection tests remained temporary and concerned a minority of these laboratories. Among the overall 21,656 specimens received, a positive diagnosis of influenza A(H1N1)pdm09 was obtained in 5,390 cases (25%), the positivity range being significantly higher among women as compared to men (P<0.0001) and subjects below 45 years of age as compared to those over 65 years (P<0.0001). Two peaks in positivity frequency were observed at weeks 24 (30%, 8–12 June 2009) and 44 (50%, 26–30 October 2009) respectively, the latter one occurring 2 weeks earlier than the peak of epidemic at the national level. In contrast, a low positivity rate was detected at weeks 38–40 in relationship with other respiratory virus infections which were clinically misinterpreted as a peak of influenza epidemic. These data demonstrate the ability of medical virology laboratories of Paris Île-de-France region to provide in real time a valuable diagnosis of A(H1N1)pdm09 virus infection and a relevant view of outbreak evolution, suggesting they will be a crucial component in the management of future influenza epidemics.

Le texte complet de cet article est disponible en PDF.

Résumé

L’épidémie de grippe A(H1N1)pdm09 a été un défi pour les laboratoires de la région Paris Île-de-France en charge du diagnostic virologique. De façon à analyser la qualité de leur réponse à ce défi, une étude rétrospective fondée sur un auto-questionnaire standardisé a été entreprise auprès des laboratoires hospitaliers impliqués dans la détection du virus A(H1N1)pdm09 pendant une période de dix mois allant d’avril 2009 à janvier 2010. Tous les laboratoires concernés ont répondu à l’enquête. Du fait des contraintes de sécurité biologique et des indications imposées initialement, le diagnostic virologique a été effectué uniquement dans deux laboratoires au début de la période d’étude. Progressivement, il a été mis en place dans les autres laboratoires à partir de juin et jusqu’en novembre 2009. Dès le début, la RT-PCR spécifique du virus A(H1N1)pdm09 a été considérée comme la méthode de référence alors que l’utilisation des tests rapides de diagnostic grippal a été seulement temporaire et n’a concerné qu’une minorité de laboratoires. Parmi la totalité des 21656 échantillons reçus, un diagnostic positif de grippe A(H1N1)pdm09 a été observé pour 5390 (25 %) d’entre eux, la fréquence de positivité étant significativement plus élevée pour les femmes que pour les hommes (p<0,0001) et pour les sujets de moins de 45ans que pour les sujets de plus de 65ans (p<0,0001). Deux pics de la fréquence de positivité ont été observés aux semaines 24 (30 %, 8–12 juin 2009) et 44 (50 %, 26–30 octobre 2009) respectivement, le second survenant deux semaines avant le pic détecté sur le plan national. À l’opposé, une faible fréquence a été observée pendant les semaines 38–40 en relation avec d’autres infections respiratoires virales qui ont été cliniquement interprétées à tort comme un pic d’épidémie grippale. Ces données confirment la capacité des laboratoires de virologie médicale de la région Paris Île-de-France à proposer en temps réel un diagnostic performant de l’infection par le virus A(H1N1)pdm09 et une appréciation pertinente de l’évolution de l’épidémie, suggérant qu’ils seront un composant essentiel dans la gestion des futures épidémies grippales.

Le texte complet de cet article est disponible en PDF.

Keywords : A(H1N1)pdm09 influenza, Biosafety practices, RT-PCR, Medical virology

Mots clés : Grippe A(H1N1)pdm09, Sécurité microbiologique, RT-PCR, Virologie médicale


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Vol 61 - N° 5

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