Introduction – objectifs : L’objectif de ce travail est d’étudier la pathogénie des différentes espèces de cryptosporidies et microsporidies identifiées chez des adultes infectés par le VIH en Tunisie et de discuter leurs modalités de transmission en se basant sur l’analyse des génotypes.

Matériels et méthodes : Il s’agit d’une étude prospective menée sur 107 adultes (âge moyen 40 ans ± 9 ans), 56 hommes et 51 femmes infectés par le VIH, dont 27 présentaient une diarrhée chronique définie par l’émission d’au moins 3 selles/j depuis au moins 14 jours. La recherche, l’identification des espèces et le génotypage des souches de cryptosporidies et de microsporidies présentes dans les selles ont été entrepris de façon systématique chez tous les patients par PCR et séquençages moléculaires.

Résultats : Vingt-cinq patients (32,7 %) étaient porteurs d’une espèce de cryptosporidie et/ou de microsporidies. Les patients co-infectés par Cryptosporidium parvum (n = 14), Enterocytozoon bieneusi (n = 8), C. hominis (n = 3) ou Encephalitozoon intestinalis (n = 9) avaient des taux de CD4 statistiquement inférieurs à celui des sujets non porteurs de parasites (respectivement p < 0,0001, p = 0,001, p = 0,008 et p = 0,03). Le portage de C. meleagridis (n = 2) n’était pas associé à une baisse du taux de CD4. La présence d’au moins une espèce de cryptosporidies ou de microsporidies était statistiquement associée à la diarrhée persistante (OR = 22,5, p < 0,0001). Le portage de C. hominis (OR1 = 85,9, p = 0,004), de C. parvum OR2 = 49,1, p < 0,001) ou de E. bieneusi (OR3 = 40,2, p = 0,001) était plus fortement associé à la diarrhée que celui de E. intestinalis (OR4 = 6,7, p = 0,02). Les souches de C. parvum appartenaient aux familles IIa et IId alors que le génotype D de E. bieneusi était dominant.

Conclusion : Les espèces et génotypes zoonotiques étaient prédominants. La virulence était variable en fonction de l’espèce.