Les mycotoxines sont des toxines naturelles que peuvent produire certaines moisissures contaminantes de matières premières alimentaires comme les céréales lors de la culture ou en postrécolte (des Fusarium, Penicillium et Aspergillus). Les mycotoxines d'importance en sécurité alimentaire appartiennent à différentes familles. Les plus importantes sont les aflatoxines (les principales sont B₁, B₂, G₁ et G₂), les ochratoxines (surtout l'ochratoxine A), les fumonisines (on en connaît 14), la patuline, les trichothécènes (on en connaît plus de 160, dont le nivalénol, le déoxynivalénol [DON], les toxines T2 et HT2 et le diacétoxyscirpénol [DAS]) et la zéaralénone. Ces mycotoxines peuvent contaminer différents produits finis obtenus à partir de matières premières contaminées. La présence de mycotoxines peut résulter de contamination au champ dans des conditions chaudes et humides en climat tropical et subtropical, fraîches et humides en climat tempéré, en l'absence de fongicide, ou en postrécolte lors de mauvaises conditions de récolte et de stockage. Les dangers induits par la présence de mycotoxines sont souvent méconnus et sous-estimés en comparaison de ceux liés aux produits phytosanitaires. Des intoxications aiguës et chroniques sont décrites. Afin d'assurer la sécurité des consommateurs, les agences de sécurité sanitaire ont tenté de définir des doses journalières (ou hebdomadaires) tolérables au vu des données toxicologiques disponibles, souvent insuffisantes. Des études d'exposition des consommateurs aux principales mycotoxines d'intérêt en sécurité alimentaire ont été réalisées ces dernières années afin de pouvoir évaluer le risque pour les consommateurs.