La rencontre de plusieurs disciplines, particulièrement de la microbiologie et de la biologie cellulaire, ont permis d'amener l'étude des processus infectieux bactériens à un tel niveau de résolution dans la description et de précision dans l'analyse, que l'on a pu parler d'émergence d'une nouvelle discipline, la microbiologie cellulaire. Cette discipline ne représente en fait qu'une étape dans une progression dans deux directions principales. L'introduction croissante de la biologie structurale, qui offre une plus grande résolution, sera obtenue dans l'étude de l'interaction entre les effecteurs procaryotes et leurs récepteurs cellulaires ; elle est essentielle à la dissection des processus moléculaires de signalisation détournés à son profit par le pathogène. Cette dimension devrait fournir les bases du développement de molécules innovantes, dites « antipathogénicité », venant en soutien des antibiotiques classiques en offrant une possibilité de prévention de la colonisation ou de l'invasion des tissus. La place exacte de ce type de molécules en thérapeutique reste cependant à définir. L'intégration des données in vitro de la microbiologie cellulaire dans un schéma in vivo où l'utilisation des modèles animaux est renouvelée dans un schéma physiopathologique où s'intègre aussi la réponse immunitaire innée et spécifique de l'hôte. Cette dimension devrait fournir les bases du renouvellement de certaines stratégies vaccinales, voire permettre le développement de nouveaux vaccins. Ce double schéma de développement in vitro et in vivo représente, maintenant que de nombreux génomes de pathogènes sont séquencés, la base de l'approche dite post-génomique du pouvoir pathogène des bactéries.

Nous avons pris ici pour exemple les entérobactéries envahissant la muqueuse intestinale, Shigella , Salmonella et Yersinia , comme modèles de ces approches. Nous avons particulièrement développé le modèle Shigella qui représente un modèle de système de rupture, invasion et destruction de la barrière intestinale par un pathogène.

Several disciplines, such as microbiology and cell biology, have recently met thereby bringing the analysis of bacterial infection to a degree of resolution that had never been reached before. This has led to the emergence of a new concept called cellular microbiology, a milestone on a road towards two major destinations. (1) A detailed stuctural analysis of the interactions occurring between bacterial effectors and their cellular targets. This approach is expected to provide new innovative targets and drugs now known as antipathogenicity molecules acting in addition, or synergy, with more classical antibacterial agents, thus preventing colonisation and/or invasion of tissues. (2) An integration of in vitro data into in vivo models renewing the analysis of physiopathological schemes in association with innate and adaptive immunity. This should strengthen our vaccine strategies and possibly lead to the conception of new vaccines. These various tools are essential for a post-genomic analysis of pathogens. We have selected enteroinvasive bacteria such as Shigella , Salmonella and Yersinia as models of these approaches. The model of Shigella infection has been particularly developed and is taken as a paradigm of the molecular and cellular mechanisms of rupture, invasion and destruction ot the intestinal barrier.