Les patients admis à la clinique Saint-Gatien (Tours) dans les services de chirurgie cardiaque et de réanimation cardiologique font l’objet d’un dépistage de SARM à l’entrée, par écouvillonnage nasal et culture sur gélose au sang et milieu chromogène rendu sélectif par adjonction de céfoxitine : BBL CHROMAgar MRSA II-BD (réponse à j+1). Nous avons souhaité évaluer les techniques de biologie moléculaire disponibles afin d’obtenir une réponse à j0 pour la majorité des patients et définir une stratégie économico-pratique pour le laboratoire.

Nous avons ainsi étudié les quatre techniques de biologie moléculaire suivantes : Cepheid GeneXpert (Cepheid), GeneOhm (BD), LightCycler (Roche) et Hyplex (I2A). Dès réception, les écouvillons de portage nasal sont traités par culture, choisie comme référence, et par l’une des techniques de biologie moléculaire, en respectant les données du fabricant. Nous avons ainsi mené quatre études entre avril 2008 et février 2009 jusqu’à obtenir un échantillonnage significatif pour chacune d’elles.

Par dépistage nous entendons une méthode qui, chez des patients en attente de chirurgie, nous permet d’exclure le portage de SARM et ainsi de ne pas modifier la prise en charge de ceux-ci. Par exemple, absence de mesures d’isolement spécifiques à l’entrée, pas de modification de l’antibioprophylaxie en cours d’intervention et pas de mesures d’isolement en postopératoire immédiat.

Les critères jugés sont : (1) techniques : temps pour un ou une série d’échantillon(s) n=10 ou plus (environ deux heures pour toutes les techniques sauf GeneXpert qui dure 75min), niveau d’accessibilité (pas de formation nécessaire pour GeneXpert) ; (2) réponses : délai d’obtention à j0 (toutes les techniques de biologie moléculaire), facilité de lecture et d’interprétation des résultats (pas de spécificité requise pour GeneXpert), échec ou non (12 % d’échec des contrôles internes pour GeneOhm) ; (3) économiques : coût pour un ou une série d’échantillon(s) (n=10 ou plus), soit X le coût de la culture référence, (10 X pour Hyplex et LightCycler, 20 X pour GeneOhm et 40 X pour GeneXpert) ; (4) VPN : 100 % pour GeneXpert et LightCycler.

À sensibilité égale, aucune technique, culture comprise, ne permet de résoudre à elle seule notre problématique, soit : (1) obtenir des résultats à j0 sur des séries d’échantillons (n<10) : toutes les techniques de biologie moléculaire ; (2) au-delà de dix échantillons : LightCycler (Roche) automatisée ou Hyplex(I2A) manuelle ; (3) quand la réponse à j+1 est suffisante, le recours à la gélose chromogène à lecture inférieure à 18heures comme BBL CHROMAgar MRSA II (BD) reste le plus économique ; (4) avoir la certitude que le patient entrant à j0, même en urgence le soir, n’est pas porteur de SARM : uniquement la technique Cepheid GeneXpert (IL). Par ailleurs, Cepheid GeneXpert (IL) permet de réaliser plusieurs tests en parallèle et sa rapidité permet d’aider à contrôler la transmission et à mieux utiliser les antibiotiques.

Patients admitted in cardiac surgery and cardiac ICU at the Clinic Saint-Gatien (Tours) are screened for MRSA at the entrance by nasal swab and culture on blood agar and selective chromogenic medium made by addition of cefoxitin: BBL CHROMagar MRSA-II BD (result obtained at Day +1). We wanted to assess the molecular biology techniques available to obtain a result at day 0 for the majority of patients and to define an economic and practical strategy for the laboratory.

We studied four molecular biology techniques: Cepheid GeneXpert (Cepheid) GeneOhm (BD), LightCycler (Roche) and Hyplex (I2A). Upon reception, nasal swabs were treated by culture, considered as reference, and one of the techniques of molecular biology, according to the manufacturer’s notice. We conducted four studies between April 2008 and February 2009 to obtain a significant sample for each of them.

By screening we mean a method that allows us to exclude MRSA carriage for patients waiting for surgery, and not to change patient management: for example, lack of isolation measures specific to entrance, no modification of antibiotic prophylaxis during surgery and no isolation measures in the immediate postoperative period.

The criteria we considered for this evaluation were: (1) technician time: time to perform one or a series of sample(s) n=10 or more (about 2h for all techniques except GeneXpert 75min), level of skilled competences (no specific training for GeneXpert); (2) results: turnaround time (all molecular biology techniques), ease of reading and results interpretations (no specialized training required for GeneXpert), failure or not (12% of failure of internal controls for GeneOhm); (3) economic: cost for one or a series of sample(s) (n=10 or more), if we considered X as the reference culture cost (10 X Hyplex and LightCycler, 20 X and 40 X for GeneXpert GeneOhm); (4) NPV: 100% for GeneXpert and LightCycler.

At same sensitivity, no technique, including culture, can solve alone our problem, which is: (1) get results at day 0 for batch of samples (n<10): all molecular biology techniques; (2) beyond 10 samples: LightCycler (Roche) automated or Hyplex (I2A) manual; (3) when the result at day 1 is sufficient, the use of chromogenic agar with a reading of less than 18h as BBL CHROMagar MRSA II (BD) remains the most economical; (4) to be sure that a patient admitted at Day 0, even at night’s emergency, is not carrier of MRSA: only Cepheid GeneXpert technology (IL). Furthermore, Cepheid GeneXpert (IL) allows performing several tests in parallel. The rapidity of this system can help control the transmission and make better use of antibiotics.