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Rapid DNA extraction for specific detection and quantitation of Mycobacterium tuberculosis DNA in sputum specimens using Taqman assays - 27/12/11

Doi : 10.1016/j.tube.2011.10.009 
Diana I. Gomez a, Caroline S. Mullin a, Francisco Mora-Guzmán b, J. Gonzalo Crespo-Solis b, Susan P. Fisher-Hoch a, Joseph B. McCormick a, Blanca I. Restrepo a,
a Division of Epidemiology, School of Public Health in Brownsville, University of Texas Health Science Center at Houston, 80 Fort Brown, SPH Bldg, Brownsville, Texas 78520, USA 
b Secretaria de Salud de Tamaulipas, Ciudad Victoria and Matamoros, Mexico 

Corresponding author. Tel.: +1 956 882 5172; fax: +1 956 882 5152.

Summary

Rapid tuberculosis (TB) detection is critical for disease control, and further quantitation of Mycobacterium tuberculosis (Mtb) in sputum is valuable for epidemiological and clinical studies. We evaluated a simple, robust and cost-efficient in-house DNA extraction and downstream Taqman approach for detection and quantitation of Mtb genomes from sputum of newly-diagnosed TB patients and non-TB controls. DNA was extracted using guanidine isothiocyanate and silica-based spin columns in less than 2 h, stored frozen, and Taqman assays were used to detect Mtb with IS6110 and quantify it targeting RD1 and IS1081. The Taqmans had a sensitivity >95% in 108 culture-confirmed TB patients and specificity of 100% in 43 non-TB controls. Genome counts were correlated with the Mycobacterial Growth Indicator Tubes’ (MGIT) time-to-detection values (1/TTD × 1000; rho = 0.66; p < 0.001) in 91 TB patients (33 excluded with MGIT contamination). This linear relationship was nearly identical between mycobacteria isolated from sputum and H37Rv Mtb grown in-vitro to its log phase. TB treatment between 3 and 7 days was associated with lower 1/TTD × 1000 values but not with genome counts. Together, our protocol provides rapid, specific, inexpensive and quantitative detection of Mtb DNA in fresh or stored sputa making it a robust tool for prompt TB diagnosis, and with potential use for clinical and epidemiologic studies.

Le texte complet de cet article est disponible en PDF.

Keywords : Tuberculosis, Real-time quantitative PCR, Quantitation, Diagnosis, Sputum, PCR inhibitors


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Vol 91 - N° S1

P. S43-S48 - décembre 2011 Retour au numéro
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  • Co-morbidities associated with tuberculosis in an autopsy case series
  • Elena Sbrana, Joy Grise, Clarke Stout, Judith Aronson
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  • A quality assessment tool for tuberculosis control activities in resource limited settings
  • Katherine McQuade Billingsley, Nathaniel Smith, Rhett Shirley, Loice Achieng, Philip Keiser

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