Situé sur le bras court du chromosome 6, le système human leucocyte antigen (HLA) comprend plus de 200 gènes, organisés en trois régions. Les gènes HLA sont situés dans la région de classe I, avec des gènes classiques (HLA-A, -B et -C) et non classiques (HLA-E,-F,-G), et dans la région de classe II, avec les gènes HLA-DR, -DQ, -DP. La région de classe III contient, entre autres, les gènes du complément et du tumor necrosis factor (TNF). Connu depuis plus de 50ans, le système HLA est remarquable par son polymorphisme, et son rôle essentiel dans l'apparition de la réponse immunitaire. Le polymorphisme HLA a connu un essor considérable avec le développement des techniques de biologie moléculaire : plus de 70 variations alléliques sont actuellement connues pour les gènes codant les molécules HLA-B27 ou B5. La présentation du peptide antigénique aux lymphocytes T est au centre des mécanismes de la réponse immunitaire spécifique, de la sélection du répertoire lymphocytaire T, et de la lyse, par les cellules natural killer (NK), de cellules infectées ou tumorales. Les applications cliniques du système HLA sont nombreuses, mais se sont principalement développées dans le domaine de la greffe et dans celui des maladies inflammatoires. En pathologie rhumatologique, le système HLA est important dans la pathogénie des spondylarthropathies et du psoriasis, de la maladie de Behçet, de la polyarthrite rhumatoïde et du lupus érythémateux systémique. Le plus souvent, un rôle direct des molécules HLA dans la pathogénie des maladies inflammatoires est suspecté. Les mécanismes des associations HLA/maladies restent mal connus, mais les hypothèses actuelles font intervenir les particularités de la structure tridimensionnelle des différentes molécules HLA. Certaines modifications d'un acide aminé sont susceptibles d'influencer la présentation d'un peptide arthritogène. Mais, malgré son importance, la contribution du système HLA à la génétique des maladies auto-immunes n'est que partielle, et d'autres gènes restent à découvrir.