Les colites microscopiques (CM), qui regroupent la colite collagène et la colite lymphocytaire, sont des pathologies à l'origine de diarrhée chronique qui peuvent altérer significativement la qualité de vie. Elles atteignent préférentiellement la femme vers l'âge de 60ans, mais peuvent également survenir chez l'homme et à tout âge, y compris chez l'enfant. Caractérisées par une inflammation chronique de la muqueuse colique, les CM partagent une similitude pathogénique avec les maladies inflammatoires chroniques intestinales (MICI) (maladie de Crohn et rectocolite hémorragique). Ces dernières années ont été marquées par une croissance de leur incidence proche de celle des MICI dans les pays développés, avec le même gradient nord/sud. À l'inverse des MICI, les CM se caractérisent par un examen endoscopique normal ou subnormal mais avec des anomalies histologiques spécifiques sur les biopsies coliques. Un facteur déclenchant, notamment de type médicamenteux ou infectieux, est fréquemment retrouvé. La confirmation du diagnostic de colite microscopique permet d'envisager aujourd'hui une prise en charge thérapeutique efficace. En dehors de l'éviction d'un facteur exogène identifié, un traitement par corticoïdes à tropisme colique comme le budésonide permet dans la très grande majorité des cas une rémission clinique à court et moyen terme, tant dans la colite collagène que lymphocytaire. L'évolution à long terme est capricieuse, mais en règle bénigne.