Le mot transcriptomique est aujourd’hui ce que l’on peut appeler l’arbre qui cache la forêt. Bien sûr, on peut comprendre la transcriptomique comme la discipline dans laquelle on étudie le transcriptome ; celui-ci étant l’ensemble des ARN messagers produits lors du processus de transcription d’un génome. Pourtant plusieurs éléments doivent être pris en compte dans cette définition. En premier lieu, Il faut comprendre que cette discipline a seulement 15 ans. L’analyse des ARNm était alors principalement faite par Northern Blot et PCR. Quinze ans plus tard, les techniques utilisées dans cette discipline sont très variées, allant de la PCR quantitative au séquençage systématique de tous les ARNm en passant par les puces à ADN. Dans tous les cas, elle repose sur la quantification systématique des ARNm, ce qui permet d’avoir une indication relative du taux de transcription de différents gènes dans des conditions données.

Les applications en recherches fondamentales ont instantanément été évidentes, et l’utilisation de cette approche dans des applications biomédicales avec la recherche et la découverte de biomarqueurs a été extrêmement rapide, bien que ne donnant pas toujours les résultats espérés.

De plus la découverte de nouveaux ARNs comme les miRNA a permis de faire évoluer la transcriptomique vers d’autres champs de recherche par des études de régulomes et des études d’expression des gènes du microbiote.