En l'absence de traitement immunosuppresseur, une transplantation ou greffe d'organe entre individus génétiquement différents est inexorablement rejetée. Lorsque la greffe a lieu entre individus différents mais appartenant à la même espèce, on parle d'allogreffe. La réaction de rejet d'allogreffe, qui conduit à la perte de fonction de l'organe transplanté, est un phénomène immunologique qui fait intervenir des réponses à médiation cellulaire (lymphocytes T) et à médiation humorale (anticorps) dirigées contre les éléments antigéniques de l'allogreffe reconnus comme étrangers, les alloantigènes. Ceux-ci sont représentés essentiellement par les antigènes majeurs d'histocompatibilité ou molécules HLA, mais d'autres antigènes peuvent participer à la réaction de rejet (antigènes mineurs, autoantigènes). L'initiation des réponses immunitaires vis-à-vis de l'allogreffe se produit en plusieurs phases distinctes : une phase de reconnaissance des alloantigènes par les lymphocytes, une phase d'activation des lymphocytes et une phase effectrice responsable des dommages infligés à l'allogreffe. Selon les mécanismes effecteurs mis en jeu au cours de la réponse allogénique, différentes formes cliniques de rejet sont observées. Des mécanismes de régulation peuvent également se mettre en place spontanément ou sous l'effet de thérapeutiques immunomodulatrices, conduisant à un état de tolérance d'allogreffe, observée chez de rares patients ou surtout en conditions expérimentales. Les tests immunologiques permettant d'étudier les réponses alloréactives humorales et cellulaires de façon individuelle conditionnent la sélection des donneurs d'allogreffe, le suivi des patients après transplantation et le développement de nouvelles stratégies d'immuno-intervention.