L'étude des moisissures dans l'environnement agricole revêt une importance tant pour les agriculteurs qui inhalent des allergènes et développent des maladies professionnelles que pour les consommateurs dont les aliments peuvent être contaminés par des mycotoxines. L'organisation du travail dans l'agriculture est complexe. Elle contraint dans le cadre des études sur l'environnement agricole de traiter de nombreux échantillons et de mener dans un laps de temps court, l'identification de nombreuses espèces. Nous décrivons dans cet article nos méthodes d'échantillonnages, de cultures et d'identifications, classiques et moléculaires. L'analyse des fourrages et des aliments pour bétail est privilégiée plutôt que l'étude aérobiologique de l'air à un moment donné. L'échantillonnage est réalisé sur la base d'un questionnaire standardisé qui précise les conditions de récolte de chaque lot. Cinq milieux de culture, un pour les bactéries, deux pour les actinomycètes et deux pour les moisissures (Malt Salé, Dichloran Glycérol 18) sont ensemencés pour chaque échantillon. Afin de faciliter l'inventaire des espèces fongiques, nous décrivons sommairement 45 des 75 espèces régulièrement isolées dans les fermes et peu rencontrées en mycologie médicale. Les modalités de l'utilisation de l'identification moléculaire complémentaire sont précisées. L'ensemble des espèces citées fait l'objet d'une évaluation quant à leurs implications en santé humaine.

The study of moulds in agricultural environments is very important not only for the farmers who inhale allergens and develop professional diseases but also for consumers whose food can be contaminated by mycotoxins. Implementing studies in agricultural environments is quite complex. Many samples have to be taken and many species identified in a short time. In this paper, we describe the methods used for sampling, culture, and classical and molecular identification. Analyses of fodder and feed were preferred to one-off aerobiological analyses of the air. Sampling was based on the results of a standard questionnaire that clarified harvesting conditions. Five culture media, one for bacteria, two for actinomycetes, and two for moulds (Salted Malt & Dichloran Glycerol 18) were used for the culture of each sample. To facilitate the inventory of fungal species, we briefly describe 45 of the 75 species regularly isolated on farms that are less commonly encountered in Medical Mycology. We also describe the conditions used for molecular identification. For all the species named, we provide an evaluation of their implication for human health.