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TBrowse: An integrative genomics map of Mycobacterium tuberculosis - 22/08/11

Doi : 10.1016/j.tube.2009.07.005 
Anshu Bhardwaj a, b, Deeksha Bhartiya a, Nitin Kumar b,

Open Source Drug Discovery Consortiumb

Vinod Scaria a, b,
a GN Ramachandran Knowledge Center for Genome Informatics, Institute of Genomics and Integrative Biology (CSIR), Mall Road, Delhi 110007, India 
b The Open Source Drug Discovery (OSDD) Consortium, Council of Scientific and Industrial Research, Anusandhan Bhavan, 2 Rafi Marg, Delhi 110001, India 

Corresponding author. GN Ramachandran Knowledge Center for Genome Informatics, Institute of Genomics and Integrative Biology (CSIR), Mall Road, Delhi 110007, India. Tel.: +91 921 237 1663.

Summary

Tuberculosis is one of the major infectious diseases causing morbidity and mortality in the developing world. Genome-wide experiments on Mycobacterium tuberculosis particularly H37Rv and many other strains has revealed a wealth of information on the pathogen. This has been complemented by computational methods for the analysis of genomic sequence. This genome-level information is scattered in individual databases and supplementary material of publications and is not easily amenable to integrative analysis and visualization. TBrowse is an attempt to create a starting resource for integrative analysis of the M. tuberculosis genome. This comprehensive database contains more than half a million data-points of genomic data systematically culled from online resources and publications and is organized into hundred tracks. The resource is built based on the Generic Model Organism Database Genome Browser, thus making it readily interoperable with other genome browser installations. TBrowse is enabled with tools for programmatic data access and interoperability with other similar resources through Distributed Annotation System. In addition the resource is interfaced with sequence analysis servers maintained by the National Center for Biotechnology Information and the University of California Santa Cruz. The resource is available at tbrowse.osdd.net

Le texte complet de cet article est disponible en PDF.

Keywords : Tuberculosis, Genome, Browser, H37Rv, Mycobacterium



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Vol 89 - N° 5

P. 386-387 - septembre 2009 Retour au numéro
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  • A simple in vitro PK/PD model system to determine time–kill curves of drugs against Mycobacteria
  • Nageshwar R. Budha, Robin B. Lee, Julian G. Hurdle, Richard E. Lee, Bernd Meibohm

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